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基于单细胞数据的伪时间轨迹预测

日期:2020-06-13  作者:  点击:[]

报告题目:基于单细胞数据的伪时间轨迹预测

主 讲 人:田 天 海

单 位:Monash University, Australia

时 间:6月14日10:30

腾讯会议ID:985 175 064

密 码:123456

摘 要:

单细胞实验是在单个细胞水平上测量基因或者蛋白的活性。和传统的基于大量细胞的生物实验不同,单细胞数据提供了前所未有的机会来分析细胞间的异值性。但这类不具备时间序列特征的实验数据给数学建模带来了巨大的挑战,因此单细胞数据分析的重要一步是根据细胞进化过程的特征将每个单细胞在“伪时间轨迹”上排序,然后再对具有“时间序列”特征的数据进行数学分析。本报告将汇报近年来我们在基于单细胞数据的伪时间轨迹预测方面做的工作。主要是介绍SCOUT和DTFLOE二个算法。

简 介:

田天海,澳大利亚莫那什大学数学学院教授。2001年在澳大利亚昆士兰大学取得博士学位,博士毕业后曾在澳大利亚昆士兰大学,英国格拉斯哥大学等一流大学工作。在基因网络和细胞信号传导等生物系统的随机建模,随机动力系统的数值模拟,模型参数估计,和统计分析与计算等方向开展过很多有创新意义的工作,并取得了较多的研究成果。主持过澳大利亚研究基金会(ARC)研究项目3项,主持国家自然科学基金面上项目一项,参与澳大利亚研究基金会(ARC)研究项目2项(其中一项的研究员基金为计划单列),参与英国生物工程和生物科学基金会(BBSRC)研究项目1项。 其研究还得到了(英国)皇家科学院,英国癌症基金会和澳大利亚科学院的支持。获得过澳大利亚研究基金会的“未来研究员”(Future Fellow)和“澳大利亚研究员”(Australian Fellow)以及格拉斯哥大学“凯尔文爵士研究员”(Lord Kelvin Fellow)等称号。其研究成果己发表在高级别的学术刊物上,包括“自然杂志细胞生物学分刊”,“美国国家科学院会刊”和“当代生物学”等杂志。发表120多篇学术论文,其中有70篇学术论文被SCI收录,被他人SCI引用1400多次。

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